Το Εργαστήριο ιδρύθηκε με την ονομασία «Εργαστήριο Χριστιανικής Παιδαγωγικής» κατά το ακαδημαϊκό έτος 1952-1953 από τον τότε Kαθηγητή Παιδαγωγικής στην Θεολογική Σχολή του Α.Π.Θ., Βασίλειο Έξαρχο. Στόχος του Εργαστηρίου ήταν η Πρακτική Άσκηση των φοιτητών της Θεολογικής Σχολής στα εξατάξια Γυμνάσια της ελληνικής επικράτειας. Μάλιστα, είχαν τυπωθεί και σχετικά βιβλιάρια και καρτέλες μέσα από τα οποία ο φοιτητής κατοχύρωνε τις παρακολουθήσεις στα σχολεία. 

Μετά από μια περίοδο αδράνειας του Εργαστηρίου διάδοχος του Εξάρχου στην πανεπιστημιακή έδρα και  δεύτερος διευθυντής του Εργαστηρίου έγινε ο Καθηγητής Κωνσταντίνος Φράγκος·  αυτός έθεσε σε νέα βάση την Πρακτική Άσκηση των φοιτητών, έτσι ώστε να ανταποκρίνεται στα τρέχοντα εκπαιδευτικά δεδομένα της εποχής του. Μάλιστα, ο ίδιος φρόντισε η Πρακτική Άσκηση να επεκταθεί και στον χώρο της Κατήχησης και για τον λόγο αυτό προχώρησε στην ακόλουθη καινοτομία: φρόντισε να συμπεριληφθούν σε όλα τα υποχρεωτικά μαθήματα, τα οποία ήταν α. «Εισαγωγή στην Παιδαγωγική», β. «Κατηχητική» και γ. «Διδακτική του Μαθήματος των Θρησκευτικών», ώρες άσκησης. Οι ώρες αυτές ενσωματώθηκαν στο επίσημο Πρόγραμμα Σπουδών της Θεολογικής Σχολής και στη συνέχεια του Τμήματος με σχετική δημοσίευση στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Αξίζει να επισημάνουμε ότι μακαριστός Καθηγητής Κωνσταντίνος Φράγκος είχε εξοπλίσει το Εργαστήριο Χριστιανικής Παιδαγωγικής με όλα τα σύγχρονα για την εποχή του οπτικοακουστικά μέσα όπως π.χ. μηχανή προβολής για Film Super 8mm, μηχανή λήψεως για Film Super 8mm, μαγνητόφωνο, επιδιασκόπειο, slide-projector κ.α. Το πλούσιο αυτό οπτικοακουστικό υλικό, που προέρχεται από την εποχή του μακαριστού καθηγητή Κωνσταντίνου Φράγκου, φυλάσσεται μέχρι σήμερα ως μουσειακό πλέον υλικό στο χώρο του Εργαστηρίου Παιδαγωγικής.

Το 2003 ιδρύθηκε το Εργαστήριο Παιδαγωγικής (ΦΕΚ, 1164, Τεύχος Β’ / 14-08-2003). Πρώτος διευθυντής του Εργαστηρίου υπηρέτησε ο Καθηγητής Χρήστος Βασιλόπουλος (2003-2008) και στη συνέχεια ο Καθηγητής Ιωάννης Κογκούλης (2008-2015).

Από το 2015 και  μέχρι σήμερα Διευθύντρια του ΕργαστηρίουΠαιδαγωγικής  είναι η Αναπληρώτρια Καθηγήτρια κ. Βασιλική Μητροπούλου.

Με την ιστορική πορεία του Εργαστηρίου Παιδαγωγικής συνδέθηκαν ανάμεσα σε πολλούς άλλ ους, ο μακαριστός Γεώργιος Τσανανάς και ο Δημήτριος Λάππας.

 Το Εργαστήριο Παιδαγωγικής, έκτοτε υπό τη Διεύθυνση των πρώτων Διευθυντών του και έως σήμερα  εξοπλίζεται ως προς την υλικοτεχνική του υποδομή.  Ο εξοπλισμός του Εργαστηρίου περιλαμβάνει, ακόμη, ειδικά θρανία και καρέκλες, οι οποίες διευκολύνουν την ομαδοσυνεργατική διδασκαλία για μία δύναμη τάξης περίπου 50 ατόμων. (Σημειωτέον, ότι η ίδια αίθουσα με διαφορετική διάταξη των καθισμάτων έχει χωρητικότητα περίπου 70 ατόμων και προσφέρεται για τη φιλοξενία επιστημονικών ημερίδων). Επίσης, η βιβλιοθήκη του Εργαστηρίου Παιδαγωγικής εμπλουτίστηκε με νέα βιβλία και εφοδιάστηκε με καινούρια έπιπλα. Όλα αυτά, σήμερα, είναι στη διάθεση των φοιτητών, προκειμένου να αντλήσουν πληροφορίες που σχετίζονται με τη  Διδακτική του Μαθήματος του Θρησκευτικών. Τα υπάρχοντα βιβλία αφορούν στο επιστημονικό αντικείμενο της Παιδαγωγικής, της Ψυχοπαιδαγωγικής, της Διδακτικής, της Διδακτικής του Μαθήματος των Θρησκευτικών και της Κατηχητικής.

Τέλος, να αναφέρουμε ότι το Εργαστήριο Παιδαγωγικής διέθετε παλαιότερα μεγάλη βιβλιοθήκη, η οποία όμως ενσωματώθηκε στη ενιαία Βιβλιοθήκη της Θεολογικής Σχολής. Έτσι, τα εναπομείναντα βιβλία περιορίζονται μόνο στα όσα κρίνονται απαραίτητα για τις σπουδές και τις εργασίες των φοιτητών στα μαθήματα που σχετίζονται με την την ψυχοπαιδαγωγική, διδακτική και κατηχητική τους κατάρτιση.

Οι σκοποί του Εργαστηρίου σήμερα προσδιορίζονται με βάση το ΦΕΚ ως ακολούθως:

1. Η κάλυψη σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο των διδακτικών και ερευνητικών αναγκών του Τμήματος Θεολογίας, καθώς και άλλων τμημάτων του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης σε θέματα που εμπίπτουν στα αντικείμενα δραστηριότητας των εργαστηρίων .

2. Η συνεργασία κάθε μορφής με κέντρα ερευνών και ακαδημαϊκά ιδρύματα ημεδαπής και αλλοδαπής, εφόσον οι επιστημονικοί στόχοι, συμπίπτουν, συμβαδίζουν και αλληλοσυμπληρώνονται με εκείνους του εργαστηρίου. 

3. Η διοργάνωση επιστημονικών διαλέξεων, ημερίδων, σεμιναρίων, συμποσίων, συνεδρίων και άλλων επιστημονικών εκδηλώσεων, την πραγματοποίηση δημοσιεύσεων και εκδόσεων και την πρόσκληση Ελλήνων και ξένων αναγνωρισμένων επιστημόνων.

Από την ίδρυση του Εργαστηρίου Παιδαγωγικής έως σήμερα πραγματοποιήθηκαν συνέδρια, σεμινάρια Διά Βίου Επιμόρφωσης και ημερίδες.

Στα ερευνητικά ενδιαφέροντα του Εργαστηρίου Παιδαγωγικής συγκαταλέγεται η παρατήρηση και η ανάλυση της διδασκαλίας με σκοπό τη βελτίωσή της. Κάτι τέτοιο επιτυγχάνεται με τις επισκέψεις των φοιτητών στα Γυμνάσια και στα Λύκεια, προκειμένου να παρακολουθήσουν δειγματικές διδασκαλίες.